Hãng hàng không Trùng Khánh thuộc sở hữu chung của China Southern Airlines (60%) và Công ty Đầu tư & Phát triển Thành phố Trùng Khánh (40%). Hãng hàng không được thành lập vào ngày 16 tháng 6 năm 2007 và đã nhận được giấy phép hoạt động từ Cục hàng không dân dụng Trung Quốc vào ngày 4 tháng 7 năm 2007.

Hãng hàng không Trùng Khánh đã triển khai chuyến bay đầu tiên từ Trùng Khánh đến Sân bay quốc tế Phố Đông Thượng Hải vào ngày 8 tháng 7 năm 2007.